חסרונות:

למרות הרעש וההמולה בתחום, עדיין אין מספיק נתונים המוכיחים את יעילות הלמידה הוירטואלית.

תמיכה טכנית

כדי להפעיל קורס למידה מרחוק באינטרנט צריכה להינתן תמיכה טכנית למשתמשים. אולם בארץ קיימת בעיית משאבים - מחד בארגונים המספקים את שיטות הלמידה מרחוק השונות ומאידך לתלמידים שהם משתמשי הקצה. אין ספק, שהצלחת התלמידים תלויה בקשר ישיר למיומנויות המחשב שיש להם.

השקעת זמן מרובה

להבדיל מקורס רגיל שבו הסטודנט משקיע שעה וחצי בשבוע ועוד קצת זמן בספריה, בקורס אינטרנטי צריך להשקיע זמן רב. בנקודה זו, מתגלה ניגוד בין המרצה לתלמידים, בעוד המרצה מעוניין לעשות את הקורס הטוב ביותר, מעוניינים התלמידים לעבור את הקורס בצורה הקלה ביותר.

עלות

מחד, הדרכה מרחוק מייקרת מאד את תהליך הפיתוח. יש חשיבות גבוהה לשידור קול ובפעמים רבות גם וידאו באיכות הגבוהה ביותר וטכנולוגיות אלו עולות בממון רב. מאידך, שידורים בכבלים, לוויין ורשת מקומית הם באיכות גבוהה, אך הם יקרים. שימוש ברשת האינטרנט מגביל את איכות הווידיאו. על איכות הקול אסור להתפשר, אך איכות הווידיאו המתקבלת אצל רוב גולשי האינטרנט היא נמוכה, כאשר התמונה קטנה מטושטשת ומקוטעת. כאמור, בעיות אלה פוגעות בחוויה הלימודית ובריכוז הלומדים.

סטטיסטיקות

מחד ישנם מחקרים הטוענים, שבגישה נכונה תשתווה יעילות ההדרכה הוירטואלית ליעילות ההדרכה הקלאסית – "פנים אל פנים", ומאידך יש הטוענים, שלמידה מרחוק מגדילה את יעילות תהליך הלמידה בין 15% ל-25% בלבד.

בעיה נוספת היא מיעוט מידע סטטיסטי על אחוז הנושרים מקורסים וירטואליים. קל למדוד כמה תלמידים נרשמים ללמוד וכמה מורידים את חומרי הלימוד, אך אין מספיק מידע על מספר התלמידים שלא סיימו את התהליך הלימודי.

בעיות הערכה

כיצד מעריכים תוצרי למידה באינטרנט? העברת מבחן אמריקני היא בזבוז, בהתחשב בהשקעה העצומה בקורס. האפשרות הנראית מתאימה ביותר היא כתיבת עבודות, שתיתמך על המקורות והאתרים אותם הצליח הסטודנט להקיף.

משמעת עצמית

למידה בקורס וירטואלי דורשת משמעת עצמית נוקשה. ממחקרים שנעשו בארה"ב עולה, כי שליש מהתלמידים שהתחילו ללמוד בקורסים באינטרנט, לא הצליחו לסיים אותם.

הקצבת זמן ללימוד כלים מתוקשבים

מספר גדול של משתמשים מגיעים לקורסים מבוססי למידה מרחוק ללא רקע באינטרנט ובכלים מתוקשבים. נדרשת השקעת זמן לתהליך הכניסה לסביבה מתוקשבת וללימוד כלים מתוקשבים. בדרך כלל לרכישת מיומנות בסיסית בכלים מתוקשבים מוקדשים לא פחות משני שעורים. כדי לפתח מיומנויות חיפוש מידע עלינו להשקיע לא פחות משני שעורים נוספים, ואם ברצוננו לפתח מיומנות הערכת אתרים ומאגרי מידע באינטרנט נדרש זמן ממושך יותר. אין לצפות שהתהליך של כניסה ורכישת ביטחון בשימוש בסביבה מתוקשבת יהיה מהיר .לכן על המורה לשקול את סדר העדיפויות בתוכני הקורס.

עבודה בפורום מתוקשב

בעיות טכניות - כידוע האינטרנט (חשוב לציין, כי השימוש באינטרנט נעשה באמצעות דפדפנים שונים וגרסאות שונות) לא תוכנן לתמוך בשפות שמיות, לכן כל התוכנות המיועדות לכתיבה בעברית מתמודדות עם בעיה זו. המצב מחמיר כאשר בעייתיות זו מתעצמת בגלל חוסר הניסיון של המשתמשים בפורום. כיוון ההקלדה, הגבלת מסך שלא מאפשרת לראות את כל הכפתורים בו-זמנית, ברירת המחדל לסוג הקבצים כ HTML-בעת צירוף הקבצים למכתבים - קשיים אלה יחד עם קשיים אחרים עלולים לגרום תסכול מידי. מדי פעם מתוספות בעיות תקשורת, כאשר לא מתאפשרת העברת מכתבים אל הפורום. ברור שנדרשת סבלנות רבה הן מהתלמידים והן מהמנחים כדי להתמודד עם מגוון הבעיות הטכניות.

המימד החברתי

ארגון התומך שיטת הלמידה מרחוק, צריך לקחת בחשבון את וויתור הממדים החברתיים אשר הולכים לאיבוד בלמידה מרחוק, כגון: יציאה מהמשרד לקורסים שונים, רשתות חברתיות וכדומה.

בעיות פסיכולוגיות

קיימים מחסומים רבים לפני כניסה לסביבה של הפורום המתוקשב:
מחסום התחושה – אין תחושה של מגע אישי, הלמידה הוירטואלית שונה מהלמידה מול בשר ודם. לא כל עובד/סטודנט מוכן מבחינה תרבותית ללמידה מרחוק.

מחסום של הסגנון המועדף להבעה - תקשורת באמצעות הפורום דורשת מיומנויות הבעה בכתב. המחקרים מראים שקיימים הבדלים בסגנון המועדף להבעה אצל אנשים שונים. יש אנשים שהם מוכשרים יותר בהבעה בעל פה ופחות בהבעה בכתב.
 החשש לשגיאות כתיב - מנגנון הפורום לא מאפשר תיקון שגיאות כתיב לאחר שליחת ההודעה. הדבר עלול ליצור מחסום בכתיבה.
מחסום החשש לאי-הבנה של הקורא - מסר כתוב שונה ממסר שמועבר בעל פה. בשיח בעל פה אנחנו יכולים לפרט את המסרים שלנו אם נדמה שלא הצלחנו להעביר אותם בבהירות. המסר שהועבר בכתב משאיר אפשרויות לפירוש אחר, לכן הוא דורש דיוק ומחוסר זמן אנחנו איננו מצליחים תמיד בזאת.
מחסום החשיפה שיש בכתיבה והביקורת הנלווית לכך.
שיקולי השקעת הזמן - הבעה בכתב דורשת ריכוז וזמן. אם אין באפשרות הסטודנט להתרכז ולהשקיע זמן בכתיבה ייתכן שהוא יוותר על העומק ויסתפק בתגובות שטחיות.