אזהרות CGI                                   

ישנם לפחות שני מאפיינים ליצירת תוכניות CGI שחורגים מהתחום אותו מכסה שיעור זה.

תוכניות CGI יותר מסובכות מ HTML .

ראשית, תכנות ב CGI דורש שימוש בשפות תכנות אחרות פרט לHTML .לכן, אם ברצונך ליצור תוכניות שיתאימו לצרכים האישיים שלך, יהיה עליך ללמוד שפת תכנות נוספת (ומסובכת יותר), מכיוון שלימוד שפה כזו אינו חלק משיעור היכרות זה.

תוכניות CGI דורשות הרשאות מיוחדות

שנית, מכיוון שתוכניות CGI מאפשרות גישה לשרת, הן מהוות סיכון בטחוני. לכן רוב מערכות המחשב מאפשרות לסקריפטים כאלו גישה מוגבלת בלבד למערכת הקבצים, מה שמאפשר שליטה על אילו סקריפטים יקבלו גישה לשרת, וכמה חופש פעולה יש לסקריפט תחת השרת.

במערכות Unix, CGI סקריפטס חייבים, לעיתים קרובות, להיות ממוקמים בספריה מיוחדת בשם cgi-bin, שנמצאת בתוך הספריה שבה "יושבים" הקבצים של תוכנת השרת עצמה. מכיוון שהסיבה לצעד זה היא בטיחותית, למשתמשים רגילים לא תהיה גישה( או לפחות לא גישה ישירה) לאזור זה.מה שאומר שאפילו אם יש ביכולתם לכתוב סקריפטים יכול להיות שבגלל שאינם עובדים על מחשב עם ההרשאות המתאימות,  לא תוכלו להפעיל אותם.