בשנות ה-50 מתכנת שרצה לעבוד על מחשב היה צריך לשכור שעות עבודה על מסוף מחשב שהיה מחובר למחשב גדול. באותו זמן רק אותו משתמש היה יכול לעבוד על המחשב.

בשנות ה-60 החליפו את המערכות הישנות במערכות שיכולות להריץ תוכניות אצווה (הפקודות מתבצעות אחת-אחת באופן אוטומטי שנקבע מראש). בשיטה זו השתמשו בכרטיסים מנוקבים שעליהם היה קידוד של ההוראות והפקודות. המפעיל היה אוסף את הכרטיסים מהמתכנתים ומפעיל את המחשב שקולט אותם. בשיטה זו היה לוקח לתוכניתן כשעה שלמה עד שהיה מקבל את התוצאות מהמחשב, ואם היה איזשהו באג בתוכנה והיה צורך לבצע את כל התהליך מחדש, זה היה מבזבז המון זמן. בעיה זו הביאה לשיטה חדשה שנקראת שיתוף זמנים.

שיטת שיתוף זמנים הומצאה במכון הטכנולוגי MIT. בשיטה זו כל משתמש היה יושב מול מסוף שמחובר למחשב אחד מרכזי, שהיה מתזמן את הפקודות בין המסופים השונים. כך כל משתמש יכל להרגיש שרק הוא מחובר למחשב והוא עובד אתו כל הזמן. באותה תקופה המחשבים היו יקרים ובעלי זכרון מרכזי קטן ולכן נוצר צורך בפיתוח מחשב שיהיה מספיק חזק כדי לתמוך במספר גדול של משתמשים בו זמנית.

לאחר זמן מסויים החלו לתכנן מערכת דור שני שנקראה מולטיקס (MULTICS) בשיתוף עם חברת Bell. המערכת הייתה אמורה להיות חזקה יותר מקודמתה על מנת לתמוך במספר רב יותר של משתמשים, אולם היו מספר סיבות לנפילתה של המערכת. הסיבה העיקרית הייתה שהמהדר שלה PL/I לא עבד כראוי.

חוקר בשם קן תומפסון החליט לשכתב את המערכת כך שתתאים למחשב קטן יותר שנקרא 7-PDP של חברת DEC (דיגיטל). מערכת זו של תומפסון אכן עבדה בהצלחה. מערכת זו נקראה בשם UNIX.

במשך שנות ה-70 המוקדמות הורצה יוניקס בעיקר על מחשבים שיצרה חברת דיגיטל. תחילה על המחשב 7-PDP כאמור, ואחר כך על 11/40-PDP ו 11/45-PDP ולבסוף על 11/70-PDP שבו התקבלה יוניקס במעבדות בל. מהר מאוד התקבלה המערכת גם בקרב האוניברסיטאות והמכללות בארצות הברית.

יוניקס נכתבה בתחילה בשפת סף (אסמבלי) בדומה לרוב מערכות ההפעלה האחרות. מכיוון שלכל מחשב ישנה מערכת פקודות פנימית משלו, העברת התוכנות של מערכת יוניקס למחשב אחר הייתה כרוכה במאמץ רב. את הפתרון לבעיה זו הביא קן תומפסון שהחליט לשכתב את מערכת ההפעלה לשפה עילית יותר, שפת B (בהמשך שופרה השפה על ידי דניס ריצ'י וכן שונה שמה לשפת C). שפה זו אמנם פחות יעילה מבחינת מהירות העיבודים משפת סף, אך היא נוחה יותר לשימוש.

השימוש ב-C הפך את יוניקס לנייד (portable) למערכות מחשבים אחרות. כיום ניתן להריץ את המערכת על מחשבים שונים ובהם כאלה שנוצרו על ידי: HP, Digital, Unisys, IBM, Sun ועוד.

קן תומפסון ודניס ריצ'י, 1970

Barkeley UNIX

במהלך שנות ה-80 שימשה אוניברסיטת קליפורניה בברקלי פיתוח למערכת יוניקס. מכיוון שקוד המקור של מערכת יוניקס גרסא 6 היה נגיש לכל, ברקלי יכלו לשנות אותו כמעט במלואו. וכך, הפיקה ברקלי קוד משופר של מערכת ההפעלה שרץ על מחשבי 11-PDP הנקרא 1BSD (בהמשך היה גם 2BSD). 

בין הגרסאות השונות היו שיפורים רבים, כגון עבודה עם זכרון וירטואלי ,מערכת דפדוף זכרון, מתן שמות ארוכים לקבצים (מעל 14 תווים), ושיפור השימוש בסיגנלים. אולם השיפור המשמעותי ביותר הייתה הוספת התמיכה ברשתות מחשבים ובתקשורת בפרוטוקול TCP/IP. שיפורים אלו גרמו לחברות כמו סאן ודיגיטל לבסס את גרסת היוניקס שלהם על גרסת היוניקס של ברקלי ולא על הגרסא הרשמית באותה תקופה System V של T&AT.

לקראת סוף שנות ה-80 היו נפוצות בשוק שתי גרסאות של מערכת יוניקס, של ברקלי ושל T&AT. כמו כן, כמעט כל יצרן אחר של המערכת הוסיף לה את התוספות שלו למערכת. כתוצאה מכך עולם היוניקס נחלק לשני חלקים, ותוכנה שרצה על מערכת אחת לא רצה על מערכת אחרת. לכן היה צורך ליצור סטנדרט ליוניקס.

השם שניתן לפרוייקט היה POSIX , שהם ראשי התיבות של Portable Operating System. תקן זה הגדיר איך מערכת ההפעלה צריכה להיבנות ומה השירותים שהיא נותנת לתוכניתנים. כל יצרן שרצה לכתוב מערכת הפעלה תואמת יוניקס חייב יהיה לכתוב על פי התקן.