אנימציה המתבצעת בעזרת מחשב  הינה כלי מאוד יעיל  עבור כימאים. פריטים רבים בתחום זה קטנים מכדי שעיני אדם יוכלו לצפות בהם, לגעת בהם,או לבצע בהם ניסויים ,כדוגמת אטומים ומולקולות .

כימאים יכולים ליצור דגם מציאותי של מולקולות מהנתונים שברשותם ולצפות כיצד מולקולות אלו משפיעים אחד על השני . הם יכולים לקבל תמונה תלת ממדית מושלמת של הניסויים שלהם ולצפות בכך מזוויות שונות.

אנימציית מחשב מאפשרת לכימאים לבצע פעולות אשר יהיו קשים לביצוע המציאות. לדוגמא, כימאי יכול להרכיב דגמים של מולקולות מספירות קטנות המחוברות בעזרת מקלות ואחר מכן לפוצץ אותם. פעולה זו נקראת דגמי "כדור ומקל" והינם מאוד שימושיים, אך, כאשר יש צורך להרכיב מולקולות עם מאות אטומים, זהו אינו מעשי להשתמש בדגמי "כדור ומקל", פעולה זו ניתנת לביצוע בקלות  רבה יותר בעזרת המחשב.