חוק הגנת הפרטיות מטיל על בעליו של מאגר מידע חובות משפטיות לאבטחתו (צו הפיקוח על מצרכים ושירותים (עיסוק באמצעי הצפנה), התשל"ד – 1974). לשם כך, רבים הם המשתמשים בטכנולוגיות הצפנה.

כיום, לאחר התיקון שנעשה ב – 1998 של צו הפיקוח על ההצפנה, הוגדרה קטגוריה חדשה בשם אמצעי הצפנה חופשי, שלגבי השימוש בה אין צורך ברישיון מתאים ממשרד הביטחון. נראה כי המדובר בתוכנות מדף מסחריות ידועות העושות שימוש באלמנטים של הצפנה, אולם הממונה על פיקוח הייצוא הביטחוני (שהוסמך ע"י מנכ"ל משרד הביטחון), הוא המוסמך לתת רישיון כללי או להודיע כי מדובר באמצעי הצפנה חופשי, וכל עוד אין הוא עושה כן, לא תהיה התוכנה אמצעי הצפנה חופשי.

שימוש באמצעי הצפנה שלא הוגדרו כאמצעי הצפנה חופשיים, וכן פיתוח, ייצור, סחר – כאמור בצו הפיקוח על מצרכים ושירותים (עיסוק באמצעי הצפנה), התשל"ה – 1974, מחייב הנפקת רישיון מתאים מאת משרד הביטחון ועיסוק בהתאם לתנאי הרישיון. חובה זו הייתה קיימת לפני תיקון הצו, אולם הפירוט בתיקון למעשה מרחיב את האיסור החל על כל עיסוק באמצעי הצפנה מכל סוג שהוא. משרד הביטחון הסיר את רוב המגבלות שהוטלו על חברות העוסקות בייצוא אמצעי הצפנה, וזאת בתגובה לממשל האמריקאי ולממשלות באירופה שהסירו מגבלות חמורות מהחברות המתחרות בארה"ב ובאירופה. לפני הסרת המגבלות, טענו החברות הישראליות לפגיעה בתחרות הנגרמת להן כתוצאה מההגבלות החמורות, והיה חשש כי הן יעדיפו להעביר את עסקיהן מהארץ, אם לא יחול שיפור בתנאי התחרות.

למרות תיקון הצו וההקלות בכל הקשור לייצוא אמצעי הצפנה עדיין קיימת עליו ביקורת רבה. השימוש באמצעי הצפנה שאינם חופשיים אסור על אזרחי המדינה, החובה המוטלת על בעלי מאגרי מידע לאבטח את המאגר מוגבלת בשל האמור בצו, ומוטלות חובות ומגבלות רבות על המבקש לפתח אמצעי הצפנה. לדוגמא – בכדי לקבל את הרישיון מהממונה על פיקוח הייצוא הביטחוני, יש להמציא לו גרסה של התוכנה, חומר רקע על התוכנה ואף את קוד המקור של תוכנת ההצפנה. ניתן לראות בקוד המקור בו נמצא מימוש האלגוריתם שבבסיס תוכנת ההצפנה, סוד מסחרי של מפתחי התוכנה, ואין זה סביר לחשוף אותו.

אך הביקורת העיקרית הינה כי אותו "צו צופן" וכל הדינים הקשורים אליו היו מתאימים לימים בהם השימוש היחיד בהצפנה היה שימוש צבאי מובהק. אולם כיום בעידן האינטרנט, הצפנה היא תנאי הכרחי לתקשורת מסחרית מאובטחת ולשמירה מפני גישה בלתי מורשית אל רשתות מחשבים המחוברות לאינטרנט. בנסיבות אלה נדרש שינוי בצו הצופן. אמנם מן האמור לעיל עולה כי אכן נעשו שינויים ותיקונים בצו הפיקוח על ההצפנה, אשר כביכול מכירים בצורך להתאים את החוק למציאות המשתנה, אלא שעדיין נותרו אותם מגבלות חמורות המוטלות הן על המשתמשים באמצעי הצפנה והן על המפתחים אותם. ומכיוון שההצפנה נמצאת ביסוד אבטחת המידע באינטרנט, חברות ישראליות העוסקות בתחום מצויות עדיין בנחיתות לעומת מתחרותיהן בחו"ל.